Tal como se conoce hoy en día, fue formulada en un artículo de Samuel Huntington publicado en la revista estadounidense Foreign Affairs en 1993,[1]​ y transformado posteriormente en un libro en 1996.

Para Huntington, de todos los elementos objetivos que definen las civilizaciones el más importante suelen ser las religiones.

Una civilización, en este contexto, es una cultura más o menos cerrada y con una tradición cultural más o menos hermética e impermeable, que por ende se encuentra en oposición a otras civilizaciones con tradiciones diferentes.

Otras influencias sobre Huntington han sido diversos historiadores, sociólogos y antropólogos que han estudiado las civilizaciones entre los que se encuentran, por ejemplo, Max Weber, Émile Durkheim, Oswald Spengler, Pitirim Sorokin, Alfred Weber, Alfred Kroeber, Philip Bagby, Rushton Coulborn, Christopher Dawson, Shmuel Eisenstadt, Fernand Braudel, William H. McNeill, Adda Bozeman, Immanuel Wallerstein y Felipe Fernández-Armesto.

En su artículo de 1993, Huntington retoma el concepto de Toynbee afirmando que los actores políticos principales del siglo XXI serían las civilizaciones y que los principales conflictos serían los conflictos entre civilizaciones (no entre ideologías, como durante la mayor parte del siglo XX ni entre estados-nación).

Huntington clasifica alrededor de 9 civilizaciones bien definidas: Durante la Guerra Fría los países se relacionaban con las dos superpotencias como aliados, satélites, clientes, neutrales o no alineados.

Estos Estados juegan un rol importante dentro de su civilización, para las relaciones intercivilizatorias y la mayoría tienen o aspiran a tener armas nucleares en algún momento.

Huntington predice inestabilidad y fuente de conflictos importantes en tal situación como guerras civiles.

No obstante, en el resto de las civilizaciones la separación entre estado y religión es distinta o inexistente.

[2]​ Por otro lado, las civilizaciones con un marcado pluralismo suelen ser sociedades heterogéneas pero con una distribución horizontal del poder, es decir, en la participación representativa existen varias élites compitiendo por obtener el poder político.

No obstante, por su cultura tribal fragmentada en facciones religiosas más allá de la noción del Estado nación y la carencia de un Estado central fuerte, en el mundo islámico son más probables los conflictos intracivilizatorios.

Huntington llama líneas de fractura a los límites geográficos, culturales y religiosos que dividen las civilizaciones.

Huntington argumenta que una conexión islámico-confuciana está emergiendo (cita la colaboración de China con Irán, Pakistán y otros países para aumentar su influencia internacional).

Este sería el máximo nivel de conflicto que pudiera haber entre estados centrales.

Japón e India, al ser Estados oscilantes, jugarían un papel importantísimo en tal guerra conforme definieran su posición.

No obstante, también existen algunos desaciertos en sus predicciones sobre las dinámicas entre naciones o civilizaciones (véase sección de críticas).

El resultado final del gráfico fue muy aproximado a las agrupaciones civilizatorias y sus interacciones descritas por Huntington.

[9]​[10]​ Desde la publicación de su libro, Huntington ya notaba la creciente fragmentación política en las elecciones ucranianas entre regiones prorrusas y prooccidentales.

[19]​ Muchos y muy relevantes autores han criticado las tesis de Huntington, en su base o también por detalles concretos.

El término cobró fama después de que la ONU adoptara una resolución con ese nombre para promulgar 2001 como año del diálogo entre civilizaciones, gracias a una propuesta de José Luis Rodríguez Zapatero, a la que se sumó el "pacifista" Recep Tayyip Erdoğan.

[25]​ Para Huntington, en un mundo globalizado, «los conflictos más generalizados, importantes y peligrosos no serán los que se produzcan entre clases sociales, ricos y pobres u otros grupos definidos por criterios económicos, sino los que afecten a pueblos pertenecientes a diferentes entidades culturales».

Al centrarse en cuestiones religiosas o culturales como principal fuente de conflictos, Huntington relega a un segundo plano otras causas importantes de conflicto como la desigualdad o la competencia por los recursos naturales, el cambio climático (guerras climáticas), el cenit mundial del petróleo y la crisis energética.

Incluso, la tendencia durante la segunda década ha sido la aproximación de las relaciones chino-rusas en las esferas económicas y militar.

En otras ocasiones se establecen nexos de manera intermitente con Pakistán (sunita) para contener a la India.

Con estas ampliaciones, la mayor parte de la Europa tradicionalmente católica o protestante pertenece a la Unión Europea.

Mientras que la mayoría de los países históricamente ortodoxos o musulmanes están fuera (salvo Grecia y Chipre).

Al mismo tiempo, la petición de Turquía para unirse a la unión está causando un debate considerable.

En primer lugar, porque esa abstracción geopolítica que conocemos hoy como Latinoamérica no se sustenta en la herencia de una única civilización precolombiana que haya irrigado la evolución cultural y religiosa de toda la región desde la antigüedad, sino que el legado antiguo de las altas culturas precolombianas se encuentra focalizado en solo algunos países y totalmente ausente en otros.

De igual forma, en esas naciones donde se puede rastrear el legado prehispánico, este ha ocupado un papel marginal en la configuración civilizatoria de dichas sociedades, en tanto las élites nacionales han sido herederas del legado colonizador europeo y por tanto, el aporte occidental -como verdadera fuerza que ha dado arraigo común a lo que conocemos como Latinoamérica y en menor medida la influencia africana e indígena- constituye el verdadero núcleo civilizatorio de esta parte del mundo, la cual más bien debiera verse como un apéndice periférico del acervo occidental.