Durante toda la ocupación hubo una constante guerra de guerrillas entre la que destacó el Empecinado.
Sin embargo, Valladolid estaba desprovista de grandes cuarteles para albergar a los soldados franceses, y la ciudad tuvo que realizar un extraordinario esfuerzo para adecuar conventos (San Pablo, San Gregorio, San Benito…) y otras dependencias, así como licenciar al propio ejército español de algunos cuarteles.
Sin embargo, los soldados reaccionaron violentamente realizando numerosos destrozos en los cuarteles: Aunque bien es cierto que esta situación era aprovechada por no pocos lugareños para aprovisionar el mercado negro, hundiéndose de esta forma la actividad económica de la ciudad.
Aunque el motín se produjo el 17 de marzo, los diarios no le dieron una gran difusión y la noticia llegó por medio de gacetas y cartas particulares.
La celebración duró varios días con disparos de mosquetes al aire incluidos.
Por otro lado, en el resto de España desde el 22 de mayo, en Cartagena (Murcia),y hasta el 31 del mismo mes en Valladolid y Zamora, un rosario de sublevaciones contra los franceses surge por España: Oviedo, La Coruña, Badajoz, Sevilla, Murcia, Valencia, Zaragoza.
El Cabildo condescendió en ello, y los manifestantes pasaron a la Chancillería.
Cuesta sabe que debe de organizarlo todo con la mayor rapidez posible pues el cuartel general francés se sitúa en Burgos.
Se encuentra con un gran problema para organizar la defensa, pues Castilla posee una deficiente infraestructura militar y no dispone de ningún ejército regular.
Entre estos voluntarios, se encontraba Juan Martín el Empecinado, que sería uno de los más audaces guerrilleros durante la guerra.
Por su parte, el ejército francés preparó un destacamento al mando del General Lasalle perteneciente al Cuerpo del ejército francés dirigido por el Mariscal Bessières, que tenía órdenes de normalizar la situación en la ciudad de Valladolid, compuesto de unos 9 000 hombres.
En un principio, las tropas de Cuesta se despliegan en Cabezón del Pisuerga entre el puente y el camino a Burgos, frente a las tropas francesas que acechan.
A principios de julio los dos ejércitos se dan la mano en el valle del Bierzo.
Bessières, que tiene al corriente al emperador de la agrupación de contingentes españoles, no aparta los ojos del prioritario tramo Burgos-Valladolid, y recibe refuerzos.
Bessières decidió atacar por el medio, envolver y aplastar a los gallegos primero y después a los castellano de Cuesta que, al comienzo de la batalla, habían sido contenidos.
La operación fue un éxito francés: Blake perdió cerca de 3 000 hombres y toda su artillería, mientras que los franceses sufrieron menos de 500 bajas y aseguraron el camino a Madrid para José I que se había detenido en Burgos.
Una diputación (Chancillería, Cabildo eclesiástico y Ayuntamiento) esperaba en la puerta del Carmen Descalzo, frente a la que apareció, el general Merle.
Las órdenes de Bessières explicitaban que Valladolid debía ser respetado, aunque desarmado, remitiendo a Burgos una representación de sus personalidades y corporaciones donde se entrevistarían con él.
[9] Lo prioritario, según Bessières, era pacificar la ciudad, que volviese a la áurea monotonía.
El Sire quiere: La diputación mixta Chancillería-Ayuntamiento se reúne asimismo ante Bessières en Burgos.
Ésta lo sanciona como sigue: Para financiar la Junta, destinó los ingresos de Propios, pósitos, obras pías y demás arbitrios que tenga a su disposición y ofrezcan las circunstancias del país, apertura de una suscripción, excitando el celo de los pudientes y personas privilegiadas, especialmente el Ilmo.
No es una Junta Superior a nivel regional, castellano, como lo fue la de junio.
Estamos en una de las fases más vehementes del conflicto entre Cuesta y el poder juntero, personificado en la Junta Reunida.
En Aranjuez, los 2 diputados vallisoletanos se dedicaron a buscar su aceptación en las deliberaciones.
Captado que no lo tendrían fácil, todo su afán consistió en deslegitimar a la otra delegación de Castilla, convirtiéndose en portavoces del capitán general.
Valladolid fue liberada el 30 de julio por tropas comandadas por Lord Wellington.
Durante esta campaña Wellington estableció dos veces su cuartel general en Rueda.
Sin embargo fracasa al asediar Burgos, en poder francés, y tiene que retirarse.
El Primer Imperio francés empieza a dar síntomas de un colapso.