Su hermana mayor Inés de Merania era famosa por su belleza y fue dada en matrimonio al rey Felipe II de Francia; su otra hermana mayor fue santa Eduvigis de Silesia.
Gertrudis se casó antes de 1203 con el príncipe húngaro que solo dos años después fue coronado como Andrés II de Hungría en 1205.
En 1208 Eckbert y Enrique, dos de los hermanos menores de Gertrudis, llegaron a Hungría porque estaban entre los sospechosos del asesinato del rey alemán Felipe de Suabia, y pronto hallaron protección junto a su hermana la reina consorte húngara.
Andrés II amaba a su esposa y después de su asesinato la enterró en un sarcófago ricamente decorado en un claustro de la Orden del Císter en las propias montañas de Pilis.
El drama del asesinato de Gertrudis fue trabajado por el compositor de teatro y escritor József Katona, en la que Ferenc Erkel se basó para crear la ópera Bánk Bán, cuyo protagonista era uno de los nobles que planearon el asesinato.