El conflicto del Imperio entroncó con el latente entre los reinos de Francia e Inglaterra, tomando Felipe partido por el rey francés y Otón por su tío Ricardo y tras la muerte de este por su sucesor, su otro tío Juan I.Al mismo tiempo, el papa alentaba a las ciudades de Toscana a formar una liga puesta bajo su protección con el fin de debilitar el poder imperial y reclamaba Ancona y Spoleto como feudos papales aprovechando la confusión reinante.En 1201 Inocencio reconoció a Otón como rey legítimo mientras este respaldara sus pretensiones en Italia.La complicidad de Otón en el asesinato nunca se ha podido probar.También se reconcilió con Inocencio III, al cual le prometió restituir al papado todos los territorios recibidos desde la donación de Luis el Piadoso cuatrocientos años antes.Tras abandonar Roma, se dirigió a Pisa, adonde llegó el 20 de noviembre y, aconsejado por sus colaboradores más cercanos, decidió incumplir las promesas dadas al papa e intentar restaurar el poder imperial en Italia.Tras su consagración por el papa, expulsó a las tropas pontificias de Ancona y Spoleto, declarándolos feudos imperiales y reclamando a Federico II, ahora protegido del papa, un homenaje como vasallo suyo por las posesiones de este en Calabria y Apulia, el cual este rehusó hacer, pasando Otón a declarar esos feudos requisados.Otón retornó a Alemania para lidiar con la situación, intentando salvarse del desastre que se avecinaba.Sin embargo, los ejércitos nunca llegaron a ponerse de acuerdo.Moriría de enfermedad tres años después en sus dominios, siendo el primer y el último emperador Welf.
