El análisis de areniscas del Ordovícico y Devónico en la Cordillera Oriental (que se extiende hasta Bolivia) indica granos de zircón erosionados formados al este en Brasil durante la orogenia Brasiliano.[7] La región se vio afectada por la orogenia varisca desde hace 550 a 220 millones de años, lo que provocó la intrusión granitoide, la sienita nefelina, los granitos sintectónicos y el vulcanismo calco-alcalino.En el sur, la Formación Chocolate de dos kilómetros se formó con rocas sedimentarias en el Triásico tardío.[10] En el área de Puno-Santa Lucía, que se estaba elevando lentamente como los Andes, dos kilómetros de cuarcitas y lutitas del grupo paleozoico Cabanillas están superpuestos por 1.5 kilómetros del grupo jurásico Lagunillas.La faja corrida y plegada del Marañón se formó en el Eoceno, delimitando la Cordillera Occidental.[17] Existen diferentes interpresaciones sobre el ambiente sedimentario de la Amazonía peruana en el Mioceno.Sin embargo, no tiene un posicionamiento consistente con la subducción y los geólogos lo han interpretado como una subplaca que conduce a una fusión parcial, la formación de magmas trondhjemíticos ricos en clinopiroxeno, granate y anfíbol.
