El centro del país son predominantemente colinas redondeadas, mientras el borde oriental consta de sabana, llanuras y humedales.
Los afluentes superiores son generalmente empinados pero incluyen tramos más planos donde se han formado pantanos.
Varios valles laterales entran al río con sus cursos llenos de lodo o pantanos.
La descarga promedio del río Akagera se estima en 256 m³/s con un caudal mínimo, en época seca, de 85 m³/s.
Los principales ríos de la cuenca del Nilo en Ruanda son: Mwogo, Rukarara, Mukungwa, Base, Nyabarongo y Akanyaru, de los cuales el agua es drenada por el Nyabarongo que se convierte en Akagera en la salida del lago Rweru.
El cielo suele estar nublado, y las lluvias se producen por medio de chubascos o tormentas.
En el sur llueve algo más; en Cyangugu, en la orilla meridional del lago Kivu, caen 1.320-1.400 mm en 180 días.
Hay tres zonas protegidas en Ruanda con la denominación de parque nacional, gestionadas por el Rwanda Development Board, que se encarga del mantenimiento y la infraestructura turística.