[1]​ El río Kagera nace en la confluencia de los ríos Nyabarongo y Ruvubu.

El Kagera fluye hacia el norte, constituyendo durante la primera mitad de su recorrido la frontera natural entre Tanzania y Ruanda.

En este primer tramo el río forma primero el límite occidental de la reserva tanzana de Rusuma Falls-Burigi Game, y, más adelante, durante un largo tramo, el límite oriental del ugandés Parque nacional de Akagera, que lleva su nombre por el río.

Luego describe una amplia curva hacia el sur adentrándose por territorio tanzano y de nuevo vuelve, ya su tramo final, a ser frontera entre Tanzania y Uganda.

[3]​ El río Kagera y sus afluentes drenan la mayor parte del territorio de Ruanda.