El parque fue creado en 1934 con el fin de proteger a los animales de la sabana, así como sus montañas y pantanos.Los lagos Shakani y Ihema están situados dentro del recinto del parque.El parque debe su nombre al río Kagera que lo atraviesa.Una gran parte de la sabana del parque se vio mermada a finales de los años 1990 debido a los campos de refugiados que se establecieron tras el Genocidio de Ruanda.Los animales abandonaron la región durante el conflicto para retornar más tarde.
