Forjó una difícil alianza militar con el general Antonio López de Santa Anna, quien en ese entonces era la autoridad mexicana más popular.
En la guerra contra Estados Unidos, dirigió la batalla de Padierna al mando de lo que quedaba del Ejército del Norte, obteniendo triunfos parciales; pero su enemistad con Santa Anna hizo que éste no le proporcionara los refuerzos necesarios y perdiera la batalla ante los estadounidenses.
El jefe del Estado Mayor, el general Gabriel Valencia, ayudó a dominar la revuelta.
La Junta Nacional Legislativa publicó una nueva Constitución que sustituyó a las Siete Leyes de 1836.
En diciembre de 1845, el ejército estadounidense invadió México desde Luisiana, y el presidente Herrera determinó poner al mando del ejército defensor al general Mariano Paredes y Arrillaga, quien se desplazó a Saltillo.
La junta eligió presidente provisional a Paredes y Valencia se sumó al nuevo gobierno.
Santa Anna no pudo enviar refuerzos, aunque existe la versión que hubo insubordinación y desacato a las órdenes de Santa Anna, por el General Valencia, dado que el grueso del ejército iba a atacar al ejército invasor.
Scott continuó su avance y los mexicanos fueron derrotados nuevamente en Chapultepec, dejando el camino abierto a la Ciudad de México.