Para poder localizar la colonia, el gobernador español José de Garro envió tres destacamentos en su búsqueda, uno lo hizo en canoas por el río Paraná, otro iría por tierra en dirección a San Pablo y el tercero por la costa del Río de la Plata y luego del océano Atlántico.Garro envió una carta a Lobo inquiriéndole la razón por la que se hallaba en el lugar y por orden de quién había llegado.Este le respondió que su soberano había dado permiso a los portugueses del Brasil para asentarse en sus territorios no ocupados.Para apoyar su posición, Manuel Lobo mostró una carta que recibió en Lisboa en 1578, en la cual se afirmaba que las posesiones portuguesas terminaban en la orilla oriental del Río de la Plata y se extendían 300 leguas tierra adentro hacia el Tucumán.[2] En España la corona envió a su ministro en Portugal, el abad Maseratti, para reclamar la evacuación de la colonia, pero tras reunirse dos veces con el príncipe regente, no obtuvo resultados favorables.La decisión final sobre la soberanía en el área sería hecha por una comisión mixta que debía reunirse en el término de dos meses y si no se llegaba a un acuerdo, se pediría al papa Inocencio XI que lo resolviera.
Ruinas de la casa del gobernador, en Colonia del Sacramento, destruida hasta sus cimientos durante la conquista española, en 1777.