Después de la guerra contra Malespín (1844-1845), durante la cual León enfrentó el asedio, la ocupación y el saqueo de los invasores apoyados por los granadinos, José Trinidad Muñoz Fernández fue nombrado comandante general de Armas por Francisco Malespín con sede en León, cargo que mantuvo hasta que fue derrotado en 1851 por Fruto Chamorro.
Al terminar en 1857 la Guerra Nacional con la victoria del Ejército Aliado Centroamericano, con base al llamado "Pacto Providencial" producto de la alianza legitimista y democrática se restituye en el país una sola fuerza armada que continuará de esta forma hasta la actualidad.
Este era una pequeña fuerza de origen conservador, con oficiales y tropa al mando sucesivo de los generales Luis Mena Vado y Emiliano Chamorro.
Aunque Nicaragua no participó activamente en la Segunda Guerra Mundial, los Estados Unidos a cambio del uso de puerto Corinto en el pacífico nicaragüense dieron préstamos y ayuda militar.
A excepción de escaramuzas con Honduras en 1957 por una disputa fronteriza, la Guardia Nacional no estuvo involucrado en conflictos con países vecinos.
El EPS fue entrenado principalmente por instructores militares de Vietnam, Cuba, Alemania Oriental y la URSS; tanto en Nicaragua como en escuelas militares de los últimos tres países.
No hubo oficinas del Ministerio de Defensa ni viceministro para dar forma a las políticas nacionales de defensa o ejercer el control civil sobre las fuerzas armadas.
Contrato y redactó el presupuesto militar para la adquisición de armas, el cual presentó al gobierno.
Las fuerzas armadas y los guardias fronterizos también ayudar a la policía en la lucha contra el narcotráfico.
El Ejército del Septentrión fue un ejército que operó en un extenso territorio de Nicaragua que abarcó los actuales departamentos de Matagalpa, Jinotega y Nueva Segovia, Madriz y Estelí.
Mientras estuvo activa, la Guardia Nacional, era la responsable no solo de la seguridad nacional, sino también del orden público, es decir, era a la vez Ejército y Policía en sus funciones, razón por la cual su influencia y poderío en la sociedad nicaragüense era enorme.
El Ejército Popular Sandinista (EPS) fue el ejército regular que existió en Nicaragua entre 1979 y 1994, reunía originalmente a las milicias del Frente Sandinista de Liberación Nacional (FSLN).
Comprende las fuerzas militares de Nicaragua establecidas jurídicamente en 1994, siendo sucesor del Ejército Popular Sandinista (EPS) en cuya organización se encuentran sus orígenes.