Los restos de Francisco Atahualpa descansan al interior del convento franciscano.

La orden franciscana se caracterizaba por la elaboración de cerveza para su consumo interno y también para conseguir ingresos.

Esta tradición se mantendría dentro del claustro del convento por muchos años como acompañante de la comida de los frailes ya que debido a la fermentación era recomendado su consumo.

Se restauró la cervecería en el año 2007 con apoyo de la UNESCO y forma parte del museo Fray Pedro Gosseal.

En 1572 fue reelegido en el cargo y recorrió las tierras de los indios Chocoes.

Su labor en la evangelización y cultura constituyeron el ejemplo para la integración de los indígenas al Virreinato del Perú.

Esto durante el periodo prehispánico no había sido posible puesto que los señoríos étnicos no vivían bajo un mismo estado sino que eran distintas culturas indígenas que se encontraban dispersas a lo largo de todo el territorio ecuatoriano y la conquista Inca no había sido completa puesto que no incluyó a los pueblos huancavilcas, manteños o shuar y duró cerca de cincuenta años antes de terminar.

Por ejemplo las misiones de Maynas a pesar de tanto esfuerzo fue difícil integrar a los pobladores y los territorios, dejando muchos mártires y pocos resultados.

Por otro lado, la reducción de Esmeraldas que empezaría primero con su anexión a partir del pacto con Arobe, después sería difícil mantener integrado el territorio que en ocasiones llegó a declararse independiente.

Su esfuerzo se perdería después de su muerte cuando el camino a Esmeraldas terminaría cubierto por maleza.

No obstante, estos mismos esfuerzos se realizarían incluso en la época republicana cuando el presidente Rocafuerte buscaría la colonización de la Amazonía con militares y la anexión de Esmeraldas con migrantes ingleses, proyecto que también presentaría problemas.

Es pues Jodoco Ricke quien hizo la primera reducción y siguiendo sus esfuerzos empezaría la creación de lo que después sería ese país.

Dada la organización política basada en un monarquía y nobleza del imperio español, existía un reconocimiento de los mismos cargos en otros reinos, incluso si eran adversarios o conquistados.

Se creía, no con poca razón, que por su origen tenía mayores posibilidades de mediar y apaciguar los levantamientos.

Moriría en 1583 como súbdito del rey de España, con alto estatus.

En su testamento pidió ser enterrado en la Iglesia de San Francisco, que estaba construyendo Jodoco Ricke:[6]​[7]​“En el nombre de Dios, etc., yo don Francisco Auqui vecino de esta ciudad en Sant Francisco del Quito destos Reinos del Perú, hijo de don Francisco Atahualpa Ynga, difunto, natural destos Reynos, otorgo e conosco por esta carta [...] digo que hago e ordeno este mi testamento e ultima voluntad [...].