Allí comenzó a reclutar tropas para ir a Chile, pero le resultó muy difícil por las noticias del desastre de Las Cangrejeras y la supuesta alianza entre holandeses y mapuches.

Su primer acto fue levantar todas las injurias contra su predecesor Pedro Osores de Ulloa, lo que le ganó el apoyo del ejército, que estaba totalmente desmoralizado y desabastecido.

Córdoba logró derrotar a los mapuches y se enteró de que Morales había cruzado el desfiladero al valle de Pilcohué y creyó que debía de estar enfrentando al grueso del ejército mapuche por lo que entró en el paso, siendo emboscado en cuanto llegó al valle.

Los mapuches los atacaron con fuerza contra el estrecho paso, impidiéndoles retroceder o traer refuerzos.

La batalla estuvo a punto de ser una masacre y se consideró un mal presagió para el nuevo gobernador.

Tras la batalla Laso de la Vega optó por organizar un gran ejército con el cual derrotar a los mapuches.

Quepuantu escapó para morir en un duelo ante Loncomilla, quien fue derrotado y muerto con 600 de sus guerreros en batalla.

Mientras Butapichón reunió una gran fuerza pero no presentó batalla, Laso de la Vega salió a perseguirlo con 1800 hombres desde Yumbel, los indígenas desaparecieron de su camino y aparecieron en su retaguardia cuando se alejó, atacando guarniciones pequeñas.

El gobernador acampó en Tucapel y envió al maestre de campo Fernández Rebolledo a atacar aldeas indígenas.

Por ello el sistema de tasas, con el cual los indígenas capturados podían recuperar su libertad por medio del trabajo que le recomendaron los jesuitas fracasó.