Fue bisnieto del rey Alfonso IX de León.[6] Posteriormente regresó a Castilla y entró de nuevo al servicio del rey, aunque planeó dirigirse al reino musulmán de Marruecos para servir a su rey contra sus enemigos, pero Guzmán el Bueno, su futuro suegro, le disuadió de hacerlo.[6] El historiador Juan Luis Mata Carriazo destacó que Fernando Ponce de León fue el artífice de la implantación de los Ponce de León en Andalucía, y afirmó que era «un personaje singular que, por su calidad de segundón, busca fortuna en el bajo valle del Guadalquivir con una inteligente actuación que conjuga la proximidad al monarca, la actividad bélica en la frontera y la oportunidad para conseguir un matrimonio muy conveniente».[8] El cronista Pedro Barrantes Maldonado señaló en el siglo XVI que la hija mayor de Guzmán el Bueno aportó al matrimonio como dote Rota, Chipiona, la mitad de Ayamonte y 100 000 maravedís anuales en un juro sobre las rentas de Marchena, y Francisco de Rades señaló que Marchena y Rota fueron entregadas a Fernando Ponce de León como dote matrimonial por su esposa.[36][37] Algunos autores afirman que se desconoce dónde fue sepultado Fernando Ponce de León,[38] aunque el historiador Pedro Barrantes Maldonado señaló que fue enterrado en el desaparecido monasterio de San Agustín de Sevilla, donde también recibieron sepultura su hermana, Beatriz Ponce de León,[39] y su hijo, Pedro Ponce de León el Viejo, fallecido en 1352.
