El mayor logro de Fernández de Navarrete fue censar múltiples exploraciones españolas que se hallaban en los archivos desde el siglo XV, y que los navegantes al servicio de la Monarquía Hispánica realizaron antes que cualquier otro navegante, desmontando invenciones y fabulaciones sobre exploraciones que ingleses y franceses pretendían atribuirse de modo inexacto.
el Trienio Liberal (1820-1823) y la Década Ominosa (1823-1833), en la que se consuma el fin del Imperio Español como principal potencia mundial (1492-1824), dónde Martín Fernández de Navarrete no pudo quedar al margen de la perenne inestabilidad política, y eso le causó problemas en 1814 tras el fin de la invasión francesa.
En 1780 ingresó en la Armada como guardia marina, entrando en combate ya en 1782 y siendo ascendido a alférez de fragata.
La mala salud le obligó a abandonar temporalmente sus tareas.
Esto le abrió las puertas a un mundo nuevo: la historia.
Desde 1789 y comisionado por el Ministerio de Marina durante tres años, se dedicará a recopilar la historia marítima española.
según Cáseda "pensando que tal cargo de carácter apolítico no podría ser utilizado como excusa para una posterior depuración, pero se equivocaba".
Igualmente sería en 1814 cuando regresa Fernando VII a Madrid será el texto redactado por Martín Fernández de Navarrete titulado "Oración para felicitar al señor Rey don Fernando VII por su feliz advenimiento al trono " [2] quién dará la bienvenida a su reinado al monarca en nombre de la Real Academia Española, aunque inicialmente había sido redactado en 1808.
De hecho, dentro de los tiempos convulsos que le tocó vivir existe una anécdota propia del imprevisible siglo XIX español, con la división entre absolutistas Fernandinos y Liberales, y a su vez su división entre liberales moderados y exaltados, en la que el rey Fernando VII halaga a Martín Fernández de Navarrete a pesar de considerarlo "un liberal":"[...] Fernando VII, al regreso tras su exilio, reconocerá a Navarrete como un liberal, aunque "liberal como debiéramos de serlo todos" [Frase pronunciada por Fernando VII sobre Navarrete], curiosa anécdota que explica perfectamente su compromiso más con el quehacer y el trabajo que con la exaltación extremista de las ideas.
Uno de su biógrafos Louis Vidart supo expresar perfectamente este espíritu del ilustrado Fernández de Navarrete con acertado tino: "Sus ideas políticas no le inspiraban grandes entusiasmos ni rudas intransigencias, pues quiso vivir tranquilo durante las revueltas del periodo liberal iniciado por la Revolución del año 1820".
En efecto, incluso años más tarde, tras el regreso del Rey [Fernando VII] publicará a sus expensas y bajo su protección algunas de sus obras".
Sin embargo nunca olvidó a su tierra de nacimiento.
Que publicó en Madrid bajo el seudónimo "D. Justo Patricio de España".
Su obra fue traducida al francés, inglés alemán y otros muchos idiomas.
La mayor contribución de Fernández de Navarrete fue censar múltiples exploraciones españolas que se hallaban en los archivos desde el siglo XV, y que los navegantes al servicio de la Monarquía Hispánica realizaron antes que cualquier otro navegante, contribuyendo a desmontar fabulaciones sobre exploraciones que ingleses y franceses realizaron de modo posterior a los navegantes españoles.