Al asumir su posición Felipe dominaba una parte importante de Europa.
Sin embargo, Felipe contrajo la peste y murió en 1361,[4] antes de que pudiera consumar la unión con su prima en segundo grado, Margarita (a su muerte, tenía 15 años de edad).
Juan de Boulogne y Auvernia, un tío abuelo materno, heredó Boulogne y Auvernia, propiedades que Felipe heredó de su madre Juana.
Después, en 1364, Juan otorgó Borgoña a su hijo Felipe de Valois.
La posición práctica de Juan fue ayudada desde el principio por el padrastro del joven duque, estando casado con la viuda Juana de Auvernia, y teniendo esta posición tomó parte en la administración del Ducado.