La extinción funcional es la extinción de una especie u otro taxón tal que: En las poblaciones de plantas, los mecanismos de autoincompatibilidad pueden hacer que las muestras de plantas relacionadas sean incompatibles, lo que puede conducir a la extinción funcional si una población entera se vuelve autoincompatible.
En las poblaciones poligínicas, donde solo unos pocos machos dejan descendencia, hay una población reproductora mucho más pequeña que si se consideraran todos los machos viables.
Además, los machos exitosos actúan como un cuello de botella genético, lo que conduce a una deriva genética más rápida o problemas de endogamia en poblaciones pequeñas.
[29] A pesar de esto, los koalas no se consideran actualmente funcionalmente extintos;[30] si bien su población ha disminuido, la Lista Roja de la UICN los enumera solo como vulnerables.
[32] Las distintas poblaciones de animales también pueden extinguirse funcionalmente.