Con esto inicia la historia paralela y no siempre clara de ambos estandartes.
[3][4] El Virrey Venegas en parte consideró que el uso dado por los insurgentes a esas imágenes fue al menos una blasfemia ya que eran artículos para el culto, debido a eso algunos de ellos como la Pintura o Estandarte de Hidalgo fueron puestos al resguardo del Ayuntamiento de Guadalupe, reparándose y vuelto a poner en un marco, otros solo se pusieron en un asta o en un portaestandarte, del resto de trofeos se sabe que siendo virrey Félix María Calleja en 1814, fueron enviadas a España como trofeo de guerra entre ellas las Banderas gemelas de Allende.
Bueno la confusión nació en algún momento de la segunda mitad del siglo XIX, pero se reforzó a principios del siglo XIX cuando el pintor español Antonio Fabrés que era maestro en la Academia de San Carlos y a instancias del entonces presidente Porfirio Díaz realizó una pintura de Miguel Hidalgo para adornar lo que hoy llamamos la Galería de los Presidentes en Palacio Nacional.
[3][4] Fabrés tomo como base una pintura anterior del pintor mexicano Joaquín Ramírez quien entre 1864 y 1865 realizó la obra para el efímero emperador Maximiliano, en esa pintura se muestra a Hidalgo parado frente a una mesa, un reloj de piso y lo que muchos pensaron que era un cuadro de la Virgen de Guadalupe, lo que no le gusto o no supo lo que era, por lo que hizo un cuadro con Hidalgo enerbolando el Blasón en una actitud mucho más enérgica, al terminar el cuadro se realizaron varias copias con el tiempo que se distribuyeron entre diferentes gobiernos de la república restaurada, como una especie de retrato oficial.
[3][4] Esta imagen fue muy bien aceptada y luego fue ampliamente empleada en el sistema educativo mexicano de los gobiernos Revolucionarios volviéndose la imagen cuasi oficial de Hidalgo y el Estandarte, aunque el Blasón solo es uno de los muchos estandartes guadalupanos que llevaron las fuerzas insurgentes en 1810 y no el que tomo Hidalgo en Atotonilco.
[8][3][4] Esa confusión por otra parte hizo que la pintura de Ignacio Allende de Ramón Pérez, y realizada en 1865 fuera igualmente rechazada, ya que lo presenta sosteniendo una bandera con solo la imagen de Guadalupe, y no un estandarte como se creía popularmente.
[8] La identificación del Estandarte de Hidalgo en 1853 y otras investigaciones posteriores que certifican la autenticida del Estandarte, tiene como principal escollo lo dicho por el obispo de Michoacán, Manuel Abad y Queipo en 1810, al emitir el decreto exculmulatorio contra Miguel Hidalgo, donde afirma que el mando pintar la siguiente frase en el Estandarte:[9] Frases que no se encuentran escritas en la tela y hasta donde se sabe nose han encontrado restos de esas pintas, en punto contrario se dice que esa frase solo debió ser dicha por Hidalgo, y que el Obispo Abad y Queibo solo quiso hacer más escándalo poniéndolo en su decreto.