Se ubica al sur del Zócalo capitalino en el Centro Histórico.

Durante el gobierno de Hernán Cortés, quien sería nombrado gobernador y capitán general en Coyoacán, la ciudad comenzó a tomar forma.

Esa arquitectura era necesaria como protección contra los indígenas, quienes tenían prohibido asentarse en la zona.

[2]​ El palacio ocupaba entonces cuatro de los solares que recibió, en el resto se establecieron otras cosas como un granero, la cárcel pública, las carnicerías y los corrales para aves del propio Consejo.

Con el tiempo este sitio acabó por convertirse en mercado para la venta de artículos diversos.

Al ser totalmente reconstruido, el edificio toma la ubicación, alineación y forma que tiene en la actualidad.

Para la celebración del Centenario de la Independencia en 1910, su gobierno emprendió desde muchos años antes, la construcción, remodelación y restauración de muchos edificios públicos, entre ellos el Palacio Municipal, al cual se le agregó un nivel más y se reconstruyó totalmente.

A principios del siglo XX, García Preciat le da otra denominación a estos edificios: Aduana Marítima, Palacio Municipal, y cuerpo de guardia principal, transformando posteriormente en palacio de gobierno.

Pese a que solo quedan los cimientos y algunos muros del Ayuntamiento original, su arquitectura y belleza invita a observarlo, ya sea en su fachada exterior, con su loggia o estilo neoclásico y el águila imperial, ya sean sus arquerías o los escudos de la ciudad; sus balcones o sus torres que fueron elevándose conforme la edificación crecía.

Es un espacio solemne, ornamentado por Manuel Gorozpe[5]​ al estilo Art nouveau en 1893, usado para actos protocolarios.