Por ejemplo, el hidrógeno es un gas incoloro, el carbono es negro como el carbón o el grafito, el azufre común es amarillo, el cloro es un gas verdoso, el bromo es un líquido rojo oscuro, el iodo en éter es violeta, el fósforo amorfo es rojo, los óxidos de hierro son entre rojo y naranjo oscuro, etc. Para algunos colores, tales como los del oxígeno y el nitrógeno, la inspiración es menos clara.
La siguiente tabla muestra la asignación del color a cada elemento por algunos softwares populares.
La columna C son los valores originales asignados por Corey y Pauling,[1] la columna K son los valores de la patente de Koltun.,[2] la J es el sistema de color usado por el visualizador molecular Jmol[3] y la columna R es el esquema usado por RasMol.
En este último, cuando son mostrados dos colores, el segundo es válido para la versión 2.7.3 en adelante.
[3][4] Todos los colores son aproximaciones y dependen del hardware de visualización.