[6]​ Los primeros ferrocarriles en el país fueron de propiedad privada, como por ejemplo el Ferrocarril Caldera-Copiapó —inaugurado en 1851 por William Wheelwright— y el Ferrocarril de Valparaíso a Santiago, que fue ejecutado entre fondos públicos y bonos concedidos por Candelaria Goyenechea, Matías Cousiño, Josué Waddington, Francisco Javier Ossa, Ramón Subercaseaux, entre otros accionistas.

El proceso culmina en 1913, al conectarse por vía férrea Iquique y Puerto Montt, a la vez que se construían ramales en sentido transversal.

En 1924 se inaugura el primer tramo electrificado, 380 km que eran parte del Ferrocarril Santiago-Valparaíso.

El 16 de abril del mismo año se inauguró el sector electrificado entre Mapocho y Tiltil.

[25]​ En febrero de 1930 Matilde Fort fue nombrada jefa de estación en Chorrillos, convirtiéndose en la primera mujer en asumir dicho cargo en Chile; estudió telegrafía en la escuela que poseía la Empresa de los Ferrocarriles del Estado en Barón e inició su carrera en 1915 como telegrafista en la estación Limache y posteriormente en La Cruz.

En 1953 dicho servicio se independiza y surge la Empresa Marítima del Estado.

Sin embargo también se deben considerar grandes fallos políticos, económicos y sociales heredados desde deficientes gestiones administrativas estatales, como fue por ejemplo en 1952 la adquisición de locomotoras a vapor o diésel, en vez de proceder a la electrificación de las vías, proceso que estaba siendo aplicado en el mundo y que el Banco Mundial recomendó a Chile por ser a largo plazo un sistema más rentable.

[29]​ El total de bienes pertenecientes a EFE de la red sur destruidos por los terremotos de 1960 se resume en la siguiente tabla: Los edificios principales totalmente destruidos por los sismos correspondían a las estaciones Hualqui, Carampangue, Curanilahue, Magdalena, Santa Fe, Mulchén, Antihuala, Ercilla, Inspector Fernández, Temuco, Reumén, Paillaco, Valdivia, Riñihue, Chahuilco, Casma, Los Pellines, Llanquihue y Puerto Montt.

En total 46 puentes ferroviarios del sur de Chile se vieron afectados por los terremotos.

Esto, sin embargo, no pudo resolver la crisis económica que poseía la empresa.

[32]​ En conmemoración a dicha matanza, en 2012 la Ley 20581 estableció el 6 de octubre como el Día Nacional del Trabajador Ferroviario.

[38]​ Esta crisis económica dentro de la EFE llevó a seguir endeudándose comercialmente, cerró y levantó 22 ramales nacionales, vendió antiguas máquinas como chatarra, vendió inmuebles, el nulo mantenimiento de las vías y maquinaria llevó a que los accidentes ferroviarios fueran más comunes y los servicios menos frecuentes.

Desde esa fecha, además, se han efectuado mejoras en las vías de Santiago a Puerto Montt.

[40]​ Paralelamente, hay otros servicios locales que perduraron durante los años 1990, pasando incluso al siglo XXI.

Hoy ese servicio persiste gracias a un subsidio renovado cada año en la Ley de Presupuesto.

El servicio se llamó TerraSur Temuco,[42]​ que actualmente está suspendido.

En 2004 se lanzó el plan Biovías que significó modernizar el transporte público en el Gran Concepción.

En este período se revisan los servicios, y la administración con el objetivo de mejorar la gestión.

Se inunda el sector de estación Hualqui, en donde había dos unidades UT 440 Concepción y un AEL.

También hay derrumbes cercanos al sector de talleres ferroviarios Omer Huet, entre estación el Arenal y estación Mercado y en otros puntos, con lo que se interrumpe transitoriamente el tráfico en esos sectores.

Los automotores afectados son llevados a Temoinsa, en Maestranza San Eugenio, para su reparación.

En 2007 se descubre que entre 2003 y 2004 la empresa poseía irregularidades en su plan trienal 2003-2005, detectados por la Contraloría de Chile, los que implican la modernización de la red Santiago-Temuco y su extensión hasta Puerto Montt.

A contar del verano de 2015, TerraSur Temuco se activó con salidas en el verano cada 15 días y en los festivos de mayor afluencia, Con detenciones en Rancagua, Talca, Chillán, Laja, Coihue, Renaico, Victoria, Lautaro y Temuco.

[54]​ En junio de 2023, el presidente Gabriel Boric mencionó en su cuenta pública la puesta en marcha del servicio Llanquihue-Puerto Montt, mientras que el ministro de Transportes señaló posteriormente que este iniciará sus operaciones en 2024.

[59]​ Lo mismo ocurre con el proyecto Tren Santiago-Batuco, enviado en diciembre de 2017 al mismo servicio y que busca conectar a las comunas de Santiago, Quinta Normal, Renca, Quilicura y Lampa.

Se deben realizar la primera fase de estudios para determinar si el servicio es viable.

El estudio convenido busca identificar la rentabilidad características técnicas del servicio que debería establecerse.

En 1873 se aprobó una ley que permitió al Estado de Chile comprar la Compañía de Ferrocarriles del Sur que tenía control sobre el ferrocarril entre Santiago y Curicó.

En las décadas siguientes, EFE continuó operando con una red reducida, enfocándose principalmente en el transporte de pasajeros en la zona centro-sur del país que es más poblada.

[80]​ A 2018, la empresa posee bajo su administración 2200 kilómetros de vías férreas.