El Biotren es un sistema de ferrocarril metropolitano suburbano chileno, que cubre parte del Gran Concepción.[6] En 2001 se terminaron los nuevos paraderos (II generación)[7] y empezó a operar el Taller Ferroviario Hualqui.Quedó pendiente el tramo a Puerta Los Leones, la combinación con buses y la doble vía Chiguayante - La Leonera.Además, se estrenó la nueva imagen corporativa del Biotren con una flecha en círculo, que perduró hasta el 2013 y que hasta el día de hoy las estaciones reacondicionadas o construidas el 2005 mantienen.[11] [12] En 2005 ocurrió un recambio de equipos en las vías, siendo automotores UT 440 españoles los nuevos ferrocarriles que llegaron al servicio.Chacabuco para conectarla con su puente homónimo sobre el río Biobío que, en principio, sería por viaducto elevado.Sin embargo, frente al tema, las autoridades revaluaron dicha situación y propusieron como solución que Av.No obstante ello, se mantuvo dentro del nuevo logo, el anterior representado por la flecha en círculo.El mismo año, FESUB S.A. llevó a cabo el proyecto del aumento de las frecuencias en Línea 2.[19] Luego, en enero de 2017, se inaugura también en la comuna sampedrina la estación El Parque de la línea 2, ubicado frente al cementerio "Parque San Pedro" y al centro comercial Arauco Premium Outlet San Pedro.En mayo de 2015 Ferrocarriles del Sur (Fesur) presentó los estudios realizados para la construcción de un servicio ferroviario subterráneo en Concepción, el cual considera 9 estaciones desde la estación Concepción hasta la Universidad del Bío Bío y que presentaba una rentabilidad social positiva; sin embargo el proyecto no fue considerado como urgente.[49] Los cierres del antiguo puente provocaron que el servicio de la línea 2 se interrumpiera entre las estaciones Concepción y Juan Pablo II, dejando completamente desconectada la línea con la comuna de Concepción.Durante estas interrupciones, EFE Sur dispuso buses de conexión entre ambas estaciones, generando en la estación sampedrina un terminal provisorio de buses en el sitio colindante, perteneciente a la antigua empresa papelera Bio Bio,[53][54] evaluándose incluso en septiembre de 2023 implementar "buses clones"[55] (semejante a los que se implementaron en un comienzo del sistema Transantiago, respecto del Metro de Santiago), lo que finalmente no se implementa.[56] Aún con estas medidas, estos cortes empujaron a un colapso vial en el Gran Concepción, especialmente en los puentes vehiculares que conectan la comuna de Concepción con las comunas del sur del área metropolitana (Llacolén, Juan Pablo II, y Bicentenario).[57] Además, la locomoción colectiva del Gran Concepción en cada corte ferroviario operó a su máxima capacidad.Carlos Pezoa Veliz (a un costado del centro comercial "Paseo San Pedro", y que conectaría las avenidas Carlos Pezoa Veliz - ex avenida 4 Norte - con 2 Poniente), y Av.[75] En 2016 se desarrolló un estudio de pre-factibilidad para la extensión del servicio hasta Lota.[78] En este mismo año se señaló que la extensión contaría con cinco nuevas estaciones: Coronel Sur, Playa Blanca, Cousiño, Chiflón y Lota.[81] Se ha tenido como idea que este servicio llegase incluso hasta Tomé, como parte de un posible escenario futuro en el cual se construya un servicio más rápido entre Santiago y Concepción, utilizando el antiguo ramal Rucapequén-Concepción.En mayo de 2022 se señaló que a finales del primer semestre de ese mismo año se tendría una respuesta a si el proyecto posee rentabilidad social.[83][84] Una de las mayores limitantes para este proyecto es el compromiso político, la el resultado de la evaluación social del proyecto y el «sendero La Cata» que actualmente es utilizado para senderismo y ciclismo y que originalmente fue el terraplén del ramal Rucapequén-Concepción, donde el ancho no da cabida a tanto un ferrocarril como el sendero.
Logotipo de Biotren entre 2013 y 2021.
Estación Coronel, 2018
Interior de uno de los trenes incorporados al Biotren el año 2021
Estación Intermodal Concepción. Esta estación cuenta con servicios de intercambio entre la línea 1, línea 2,
corto Laja
y
biobús
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Trazado actual de Biotren, incluyendo además la propuesta de extensión del servicio de la línea 2, la adición del servicio hasta
Penco
y
Lirquén
, y el trazado del proyecto de
Metro de Concepción
.