Durante el siglo XVI, no menos que tres Arzobispos de Colonia se convirtieron al Protestantismo.Colonia fue, sin embargo, restablecida como una sede del Arzobispo católico en 1824 y continúa siéndolo hasta el presente.Las posesiones posteriores en Westfalia se agregaron con énfasis en Soest, Medebach y Attendorn .Utilizaron su posición como pilares importantes del Reich y la Reichskirche para imponerse contra otros gobernantes de Renania y Westfalia, como el Conde Lorraine Palatine o el Conde de Werl .Bajo Anno II se sentaron las bases reales del estado posterior.Durante ese tiempo, el poder de los Ezónidas se redujo y perdieron Siegburg.Este territorio nuevamente se amplió enormemente bajo el arzobispo Felipe I von Heinsberg.En 1151 en Renania, los arzobispos finalmente otorgaron la dignidad ducal ribereña (renana), que utilizaron para afirmar aún más su poder.La propia Colonia ya no pertenecía al Estado Eclesiástico, sino que desde entonces sería una Ciudad Imperial Libre con asiento y voto en el Reichstag.Esta área se convirtió en el núcleo territorial del Ducado de Westfalia.Wilhelm von Gennep y Federico III de Saarwerden han completado la organización administrativa.Se asignaron jueces y agentes judiciales a los ministros en el campo de la justicia.La política de poder general Arzobispo, Dietrich II von Moers, tuvo consecuencias duraderas.Estos formaron una de las leyes básicas centrales del país hasta su final.En primer lugar tiene Rupert del Rin convocó al Erblandesvereinigungen, pero pronto ya no se presentó.Los hessianos apoyan a Hermann, Karl the Bold estaba al lado de Ruprecht.En ciudades como Bonn, Neuss, Kempen y Kaiserswerth se introdujo la predicación de la Reforma.von Schaumburg intentó con moderado éxito contrarrestar esto adoptando reformas eclesiásticas (sínodo provincial, visitas, etc.) y combatiendo el protestantismo.Bajo Gebhard I von Waldburg en la década de 1580, se hizo otro intento para transformar el arzobispado en un principado secular e introducir la Reforma.En particular, Maximiliano Enrique de Baviera dirigió su política hacia Francia y contra el Imperio.Se alió en 1671 con Luis XIV y participó en la guerra contra los Países Bajos.En términos de política exterior, el siglo XVIII estuvo marcado por alianzas cambiantes.Su sucesor Clemens August I de Baviera llevó a cabo una política exterior cambiante.Con Maximiliano Federico von Königsegg-Rothenfels, el tiempo de los príncipes bávaros terminó como electores.La Universidad de Bonn se ha ampliado, la educación escolar y la formación del profesorado han mejorado.
Mapa del Arzobispado de Colonia por
Joan Blaeu
, 1645.