Pronto le dejaría para trabajar en la Accademia degli Incamminati de los hermanos Carracci.Al trasladarse a Roma en 1601, se convirtió en uno de los aprendices más talentosos del círculo de Annibale Carracci, y trabajó junto a grandes contemporáneos como Albani y Guido Reni, así como también junto con rivales como Lanfranco.Reni trabajó con él en frescos del Oratorio di Sant'Andrea y en la iglesia de San Gregorio Magno.Se rumoreó que cuando pintaba el mural de La flagelación de san Andrés en la citada iglesia, Domenichino actuaba con tanta pasión, usando palabras y acciones amenazantes, que Annibale Carracci sorprendiéndole, exclamó con alegría: «Hoy, mi querido Domenichino, tú me enseñas a mí».Sus trabajos en la citada basílica de San Andrés no tuvieron el éxito esperado, y Domenichino vio decaer su estimación.
