Desarrolló la parte más importante de su actividad en Italia, donde fue conocido como Il Fiammingo (el flamenco).
En 1572 Sabatini fue llamado a Roma por el papa Gregorio XIII; Calvaert le acompañó y está documentado un pago al flamenco por una Batalla de Lepanto.
De nuevo en Bolonia, Calvaert fundó una academia (1575) donde se formaron ilustres alumnos como Guido Reni, Francesco Albani o Domenichino, aunque estos acabaron abandonándole (1582) para ingresar en la rival Accademia degli Incamminati, fundada por los hermanos Carracci, que representaban una nueva manera de entender la pintura.
El estilo de Calvaert toma un nuevo giro durante su segunda etapa en Bolonia.
Fue uno de los más ortodoxos representantes del manierismo boloñés, al que se atuvo toda su vida.