En 1600, Albani se instaló en Roma para trabajar en la decoración al fresco del Palazzo Farnese, a las órdenes de Annibale Carracci.
Su trabajo en el Palazzo Farnese estableció la supremacía de la escuela boloñesa en el panorama artístico romano durante las siguientes dos décadas.
Sus obras mitológicas incluyen una Venus Durmiente, Diana en el Baño, Danae, Galatea, y el Rapto de Europa.
Entre sus alumnos cabe destacar a Carlo Cignani, Andrea Sacchi, Pier Francesco Mola, Giacinto Bellini, Girolamo Bonini, Giacinto Campagna, Antonio Catalani, Giovanni Maria Galli, Filippo Menzani, Andrea Seghizzi, Giovanni Battista Speranza, Antonio Maria del Sole, Emilio Taruffi y Francesco Vaccaro.
Francesco Albani nunca persiguió la monumentalidad o el tinte tenebrista que revolucionaba la pintura de su época.
Aunque por la temática podríamos relacionarlo con Nicolas Poussin, le faltó el dramatismo y la fuerza del francés.