La familia se enriqueció en el siglo XIV gracias al comercio internacional y a la actividad financiera que en aquella época desempeñaron en Florencia, una de las plazas activas de Europa.

El mercader Benci Aldobrandini se casó con Madonna Giovanna degli Aldobrandini, nacida Altoviti, una mujer muy pía y dedicada a la beneficencia, lo que la hizo muy amada por parte del pueblo.

Rápidamente la familia se dividió en varias ramas (Bellincioni, Lippo, y da Madonna), que se dispersaron a causa de las malas relaciones con la familia Médici, estableciéndose en las Marcas, Roma y otros lugares.

La casa fue célebre, sobre todo en el siglo XVI, porque muchos de sus miembros hicieron una brillante carrera tanto en el campo del derecho como del humanismo o en el campo eclesiástico.

La joven Margarita Aldobrandini fue casada con tan solo 11 años con Ranuccio I Farnesio, para mejorar las relaciones entre ambas familias, convirtiéndose así en duquesa de Parma.