Actualmente se desempeña como senador nacional representando a dicha provincia.
En las elecciones de medio término 2009 volvió a presentarse pero esta vez como primer candidato para Diputado Nacional por Santa Cruz por el Acuerdo Cívico y Social (a la UCR y la CC ARI rebautizado provincialmente como Cambiemos Para Crecer.
Para 2011 volvió a competir por Unión Para Vivir Mejor, conformada por los partidos que lo apoyaron anteriormente.
[10] Ese mismo año fue imputado en una causa por evasión impulsada por la AFIP e investigado por la Justicia santacruceña por presunto lavado de activos.
Apodado por los medios como "El Patrón del Sur", fue denunciado por facturas "truchas" desde 2008 hasta 2009 en una cifra cercana a los 500 mil pesos.
[13] En 2017 los trabajadores de Yacimientos Carboníferos Río Turbio (YCRT) denunciaron al entonces precandidato Eduardo Costa y al interventor Zeidan por utilizar YCRT como base de operaciones para un escandaloso clientelismo mientras desestabilizan agitando los reclamos municipales.
Los empleados realizaron tomas fotográficas documentando como vehículos ajenos a YCRT ingresaban vacíos al predio de talleres centrales, y luego salían cargados con colchones desde el predio federal.
Según referentes del propio partido de Costa, la subasta no se publicó.