Tras la muerte de Yuan en 1916, pasó a controlar la política nacional en coalición con otros militares de la camarilla de Beiyang, con los que pronto se enfrentó por el control del poder y los desacuerdos sobre el método para reunificar el país, que Duan deseaba realizar por la fuerza.
Dos años más tarde, se vio obligado a dimitir nuevamente al haber perdido el favor de estos.
[5] Su primer comandante, sin embargo, fue el propio Duan;[1] la unidad pasó a control de Zhili en 1912.
[7] El 27 de octubre, se le nombró comandante del 2.º Ejército, nuevamente bajo Yuan.
[7][8] Entre mayo y julio de 1913, fungió como primer ministro en funciones.
[7] En diciembre de ese año, convenció al reacio Li Yuanhong a asumir la vicepresidencia del país.
[6] En la primavera de 1914, comenzó a recuperar poderes que había delegado en ellos.
[12] Cao, junto con otros caudillos como Zhang Zuolin o Zhang Xun, provenía del antiguo ejército imperial y no del fundado por Yuan, a diferencia de Duan y Feng.
[9] Las camarillas formadas por los partidarios de Feng y Duan colaboraron para asegurarse el poder en la república.
[12] Ambos deseaban eliminar a sus competidores, empezando por el presidente Li Yuanhong, que no provenía del Ejército de Beiyang ni contaba[16] con un apoyo militar destacable.
[17] La política china quedó controlada por Duan,[13] que ejercía el poder real y arrinconó a Li.
[17][20][14] El presidente no lograba nombrar un nuevo primer ministro ante la hostilidad de los caudillos militares.
[20][14] Duan entró en la capital como el defensor[20] de la república y regresó a su antiguo cargo al frente del Consejo de Ministros tras la victoria,[15][21][14] que había dividido en dos al país.
[20] Eliminada la oposición en el Parlamento[13] —que Duan decidió no restaurar debido a sus anteriores desavenencias con los diputados—[20] y la del presidente, Duan declaró la guerra a Alemania el 14 de agosto de 1917.
[15] Para asegurarse un Parlamento más favorable a sus intereses, celebró nuevas elecciones que le dieron una amplia mayoría en la Cámara.
[24] A pesar de su control político en el norte del país, en el sur surgió un Movimiento de Protección de la Constitución que reunió a seis provincias y que formó un Gobierno alternativo en Cantón para oponerse a Duan,[15] encabezado por Sun Yatsen.
[15][26] Al desaparecer de la política Li, los dos aliados comenzaron a enfrentarse para controlar el poder.
[28][27] Duan trató de lograr el respaldo de Zhang Zuolin y Cao Kun a su postura, prometiendo secretamente a los dos la vicepresidencia del país como contrapartida.
[32] Para no negarse a la solicitud de Duan o mostrar su incapacidad de controlar a Wu, impuso unas condiciones imposibles para marchar contra el sur, lo que hizo la campaña inviable.
[18][27] Aun así, Duan siguió controlando el Gobierno y parte del Ejército.
[18] Gracias a los préstamos japoneses, teóricamente otorgados para crear un ejército que pudiese participar en la guerra mundial[33] y favorecer el desarrollo económico del país,[27] Duan pudo formar una nueva fuerza[27] que le era leal y mantenerse en Pekín como comandante de la misma una vez retirado del cargo de presidente del Gobierno,[27] mientras su camarilla controlaba cómodamente el Parlamento y sus rivales se veían privados, con el retiro de Feng, de gran parte de su poder.
[27] Gracias al continuo apoyo financiero japonés, Duan logró aumentar sus fuerzas incluso una vez concluida la contienda para la que teóricamente se habían preparado —el ejército nunca marchó a Europa—.
[33] Fue conocido por su frecuente colaboración con los japoneses a cambio de ayuda financiera y militar.
[36] En Mongolia nombró un gobernador que trató de mantener el territorio bajo control chino y eliminar la influencia rusa.
[36] Mal visto por los británicos por su cercanía a Japón, Gran Bretaña celebró su derrota en 1920.
[34][39] En marzo Wu Peifu canceló los permisos de sus tropas y comenzó a enviar sus pertrechos hacia el norte.
[43] Cao comenzó una campaña telegráfica para solicitar permiso para que Wu regresase al norte a la vez que la camarilla respaldaba al primer ministro amenazado por Duan.
[45] En Tianjin se le unieron muchos de sus antiguos partidarios, desposeídos del poder por la derrota.
Participó junto con sus menguados seguidores en la alianza entre Zhang Zuolin y el Guomindang para acabar con el poder de la camarilla de Zhili que llevó a la Segunda Guerra Zhili-Fengtian.
[54] Duan, Zhang y Feng negociaron con Sun Yatsen para conseguir la reunificación nacional hasta que Sun falleció de cáncer en 1925; fracasó entonces el diálogo con sus sucesores en el Gobierno del sur.