Un nuncio papal, acompañado por un español, Pedro de Oviedo, antiguo servidor del duque de Valentinois, se presentó en Cesena para que Quiñones entregase el fuerte, enviando a este último a parlamentar con don Diego.
Diego de Quiñones procedió a asesinar al servidor del nuncio arrojándolo por la muralla, acusándolo de traidor.
Al frente de entre cien y ciento veinte hombres, españoles, italianos y alemanes, mantuvo el fuerte, defendiéndolo en primer lugar de los habitantes de Cesena, que atacaron la plaza, y posteriormente, de las tropas boloñesas enviadas por Giovanni di Sirolo, arzobispo de Ragusa, en nombre del recién elegido Papa Julio II, las cuales asediaron la fortaleza y minaron sus murallas.
Tras este último servicio a su patrón, don Diego marchó al reino de Nápoles, donde pasó a servir en el ejército al mando del virrey y capitán general Gonzalo Fernández de Córdoba.
Estando en la vanguardia liderada por Fabricio Colonna, fue muerto.