Este favor se confirmó en 1353 cuando el monarca depuso a Juan Alfonso de Alburquerque como su privado, apartándolo de la Corte, con lo que Diego García y su tío materno Juan Fernández de Henestrosa pasaron a ser los principales ministros del rey.

[2]​ En 1354 Pedro I lo nombró XIX maestre de la Orden de Calatrava, sin esperar a que los freires lo decidieran en consejo, provocando un cisma en la Orden y que ambos bandos llegaran a las manos; así que el anterior maestre, Juan Núñez de Prado, fue detenido en Almagro y conducido a Maqueda, y allí el propio Diego García lo mandó degollar sin esperar el permiso del rey, quien, con su silencio por lo menos, autorizó el hecho.

Meses más tarde estuvo como frontero o adelantado en Serón, y dirigió después una galera de la armada contra Aragón; luego supervisó el regreso y disolución del ejército en Sevilla.

Pero ese mismo año falleció su hermana y protectora María de Padilla, con lo que vio más debilitada su privanza.

En ese mismo año García de Padilla juró en las Cortes de Sevilla haber sido testigo del matrimonio secreto del rey con su hermana, algo que obsesionaba a Pedro I, quien quería a toda cosata ilegalizar su posterior y legal matrimonio con Blanca de Borbón, a la que había repudiado, y legalizar a los hijos habidos con María de Padilla.

Meses más tarde, Pedro I ordena en su testamento que a su fallecimiento le sean conservados su oficio, estado y honra.