El primer y único obispo de esta nueva diócesis fue Cuniuldo, supuestamente abad del monasterio.
[2][3] El hecho de que la fundación de la diócesis fuese cometida al obispo emeritense hace suponer que Aquis se encontraba en la provincia de Lusitania,[2] aunque se desconoce su situación exacta; algunos autores elucubran con que fuera Talavera,[4] Aquae Flaviae (Chaves),[5][6] Cazalegas,[7] Valdefuentes o "algún lugarejo que se llamaba Aqua" cercano a Mérida.
Tampoco fue la única diócesis erigida arbitrariamente por Wamba, que también elevó a esta categoría la iglesia pretoriense de san Pedro y san Pablo, en los arrabales de Toledo.
Tras la retirada del trono de Wamba en 680, en enero del año siguiente su sucesor Ervigio convocó el XII Concilio de Toledo, donde el obispo Esteban planteó la cuestión de la nueva diócesis, manifestando que su creación había sido forzada por el rey y solicitando por ello el perdón de la iglesia.
El concilio dictaminó que la institución de la sede había sido contraria a los usos eclesiásticos; la diócesis de Aquis fue abrogada, el monasterio volvió a su condición abacial y Cuniuldo, considerado inocente por haber sido nombrado por instancia del rey y no por ambición propia, mantuvo su dignidad episcopal a la espera de ocupar la próxima diócesis que quedara vacante, siendo poco después nombrado obispo de Itálica.