Posteriormente, tras la conquista árabe de la península ibérica, se conocen al obispo Genesio (862) y Ya'qub bin Mahran (941).
Urci, que entretanto había tomado el nombre de Almería, fue reconquistada provisionalmente por el reino de León y su rey Alfonso VII, con apoyo pisano y genovés en 1147; sin embargo, la población de la ciudad y el campo circundante siguió siendo fundamentalmente musulmana.
A principios del siglo XVI la diócesis todavía estaba poblada por musulmanes, especialmente en el campo.
En 1500, tras una revuelta, muchos prefirieron el bautismo al exilio y se convirtieron en cristianos nuevos.
Fue memorable la participación de Almería en la peregrinación obrera a Roma en 1894.
Durante la guerra civil española, muchos sacerdotes, religiosos y laicos fueron asesinados a manos de los republicanos, entre ellos el obispo Diego Ventaja Milán, beatificado por el papa Juan Pablo II en 1993.
Según cifras oficiales de la CEE, la diócesis contaba con 14 seminaristas mayores, del Seminario diocesano local, en el curso 2017-2018.