Los obispos de Acci estuvieron presentes en los Concilios de Toledo y la sucesión apostólica se mantuvo al menos hasta mediados del siglo VIII, cuando se perdieron vestigios de la misma debido a la invasión árabe, e incluso en la época musulmana.

En el siglo XV Guadix y Baza, todavía en manos musulmanas, pasaron a ser sedes titulares.

En 1595 se fundó el primer seminario diocesano, el de San Torcuato.

En 1804 se fundó en Guadix el Real Hospicio o Casa de la Misericordia, que estuvo activo durante unos cuarenta años: en 1842 razones económicas hicieron necesaria la liquidación de las propiedades.

Desde 1966 la diócesis está dividida en siete arciprestazgos, reorganizados según criterios pastorales en 1979.

En 2021 en la diócesis existían 74 parroquias agrupadas en 7 arciprestazgos desde 1979: Baza, El Fardes, Guadix, El Jabalcón, El Marquesado, Los Montes, Sagra-Huéscar.