También tuvo múltiples participaciones en el cine, incluyendo North Country, Lucky Number Slevin, la película de televisión A Girl Like Me: The Gwen Araujo Story, Brief Interviews with Hideous Menv', y Push.
[5] Interpretó a Ernest Hemingway en la película de Woody Allen, Midnight in Paris, en 2011.
[8] También interpreta a Ben Day en la película Dark Places, basada en la novela de Gillian Flynn.
Stoll interpretó a Darren Cross, redefinido como el supervillano Yellowjacket, en la película de superhéroes Ant-Man.
Stoll y su novia, la actriz Nadia Bowers, se comprometieron en octubre de 2014.