A cambio, la hermandad tendría una capilla en el templo, los mínimos celebrarían todos los años el Día de San Sebastián y darían un cierto número de misas por la hermandad.

[2]​ Al principio emplearon como templo la antigua ermita de San Sebastián.

[1]​[4]​ Magallanes legó dinero al Convento de la Victoria y pidió en su testamento ser enterrado allí, deseo que no se cumplió porque murió durante la expedición.

Francisco Duarte y su esposa, Catalina de Alcocer, fueron enterrados en la iglesia.

En 1814 un pequeño grupo de mínimos regresó y se instaló en unas casas anejas al mismo.

La iglesia se mantuvo abierta al público hasta la década de 1840.

[10]​ En el lugar se encontraba la Hermandad de San Sebastián, que tuvo su capilla en la iglesia del convento.

[11]​ En 1675 se unió a la Hermandad de la Estrella, que tuvo la sede en su capilla.

[13]​ Permaneció en esta iglesia hasta que fue cerrada por el régimen surgido tras la Revolución de 1868.