Junto a la ermita fueron enterrados los soldados que murieron en el asalto.
A pesar de que los Reyes Católicos ya habían cedido un convento a los frailes trinitarios que los acompañaban, este fue destruido por un terremoto en 1494.
[2] Los monjes se trasladaron y construyeron el convento actual, una edificación del siglo XVI alrededor del cual se originó el barrio de La Trinidad, a extramuros de la ciudad medieval.
Las dependencias contaban con refectorio, portería, dormitorios, biblioteca, celdas y una zona para novicios.
Los monjes habitaron en él hasta 1835, cuando la desamortización de Mendizábal les obligó a marcharse y se convirtieron en sacerdotes bajo órdenes del obispo.
Tras la marcha de los religiosos, el convento sirvió como cuartel del Ejército y la Guardia Civil, aunque la iglesia conventual continuó funcionando durante 16 años más, hasta que en 1853 fue convertida en un forjado, dormitorios y comedor para los militares.