Su Historia Animalium en cuatro volúmenes (1551-1558) se considera el principio de la zoología moderna.
Durante este tiempo se dedicó a preparar libros de distintas materias.
Entre sus contemporáneos fue reconocido especialmente como botánico, aunque sus manuscritos sobre esta materia no fueron publicados hasta bastante después de su muerte (en Núremberg, 1751-1771, 2 vols.
Una segunda parte: Pandectarium sive partitionum universalium Conradi Gesneri Ligurini libri XXI, apareció en 1548, de la que únicamente había concluido 19 libros.
Este suele ser considerado por la crítica como el «primer sistema de clasificación bibliográfica».
En 1555 publicó Gessner su narración Descriptio Montis Fracti sive Montis Pilati de su excursión al Gnepfstein (1920 m s. n. m. —metros sobre el nivel del mar—), el más bajo de los picos del Monte Pilatus.