Su apellido era Geisshüsler y su padre era molinero; de ahí que también se le llamara Molitoris (del latín molitor, "molinero").

Se dice que Erasmo de Róterdam le dio el nombre Miconio; alude a la expresión proverbial miconio calvo.

A partir de 1514 obtuvo puestos de enseñanza en Basilea, donde se casó y conoció a Erasmo y al pintor Hans Holbein.

Aunque era zuingliano, su disposición a comprometerse con los defensores de la consubstanciación le dio problemas con los zuinglianos de línea dura.

Entre sus varios tratados, el más importante es De H Zwinglii vita et obitu (1536), traducido al inglés por Henry Bennet (1561).