Enrique intentó renunciar a su oficio clerical para tener descendencia que perpetuase la dinastía de Avís, pero el papa Gregorio XIII, apoyando a los Austrias, no le permitió abandonar su cargo de cardenal.A la nobleza portuguesa le preocupaba el poder mantener su independencia y buscó ayuda para encontrar otro rey.Según la línea dinástica, Ranuccio era el heredero más próximo; sin embargo, su padre Alejandro Farnesio, no esgrimió convenientemente los derechos de Ranuccio al trono, posiblemente por no indisponerse con Felipe II, del que era aliado y vasallo.La duquesa tenía un hijo, Teodósio II de Braganza, que sería su heredero y sucesor al trono.Su punto débil era su condición femenina (Portugal aún no había tenido una reina titular).Para la aristocracia, una unión dinástica con España sería muy beneficiosa para Portugal debido a los problemas económicos que sufría.Antonio intentó atraerse al pueblo a su causa comparando la situación con la crisis de 1383-1385.Su gobierno en Terceira sólo fue reconocido por las Azores, mientras que en el continente y en Madeira gobernaba Felipe II.Se intentó una invasión en 1589 bajo la dirección de Francis Drake, liderando la llamada Armada Inglesa.En todo caso, la vida fue calmada y serena bajo los dos primeros austrias; mantuvieron el estatus de Portugal, dando a los nobles excelentes puestos en la corte española.El Sebastianismo, la leyenda de que el joven rey retornaría a Portugal en un día con neblina, se mantuvo hasta tiempos modernos, y mucha gente, hasta finales del siglo XIX creyó que podría producirse.
Árbol genealógico de los candidatos al trono (los aspirantes van en cursiva, los reyes de Portugal en negrita).