Los CAA planteaban como objetivos políticos de su acción armada la independencia y el socialismo.

Otra diferenciación ideológica respecto a ETA era que los CAA rechazaban la estructura marxista-leninista de esta organización.

Tuvieron un papel fundamental en su creación gentes procedentes del dinámico movimiento autónomo que en aquellos años se daba en el País Vasco (movimientos pro-amnistía, grupos ecologistas, asambleas de trabajadores, etc.).

Aunque desde toda la prensa se identificó a los distintos grupos autónomos armados con el mismo acrónimo CAA tratando de asignarlos una personalidad concreta bajo el subtítulo de "la organización terrorista más radical", cada comando tenía absoluta libertad para escoger y explicar sus acciones más allá de aquellas características comunes (anticapitalismo, antipartidismo, antisindicalismo) que les llevaba a coordinarse.

Las autoridades españolas solicitaron la extradición del activista huido a Francia, identificado en aquel momento por algunos como un militante de LAIA.

Durante 1978 varios atentados atribuidos en un primer momento a ETA fueron reivindicados por diferentes comandos autónomos.

Durante este año aparecen los nombres de varios comandos autónomos que se van atribuyendo diferentes acciones, aunque no se tiene claro si son marcas que va tomando una misma organización para acciones puntuales o realmente se trata de grupos que actúan autónomamente entre sí, pero de forma coordinada.

[12]​ Fue el primer comando autónomo que se manchó las manos de sangre, pero con posterioridad no hubo más atentados de envergadura reivindicados bajo esta marca; por lo que, o bien el comando no tuvo continuidad, o fue una marca utilizada coyunturalmente por otros grupos autónomos.

[16]​ Horas más tarde en un control de carreteras cercano, en Marquina-Jeméin (Vizcaya) es ametrallado un guardia civil llamado Ángel Pacheco Pata, que se encontraba en un control de carreteras montado a raíz del atentado.

Otros transeúntes se vieron también envueltos por el fuego cruzado y resultaron heridos.

Los militantes fallecidos fueron identificados por la prensa y las autoridades inicialmente como miembros de ETA.

Para ello decidieron apoyarse en un grupo autónomo existente en Vitoria autodenominado Herri Armatua (Pueblo armado).

En este caso cabe preguntarse la interrelación que ETA-m y los CAA tuvieron en este asesinato; si ETA-m se "apropió" de un atentado de los CAA como dice el libro Comandos Autónomos.

Un Anticapitalismo Iconoclasta solo Gatazka pertenecía realmente al movimiento autónomo, siendo los restantes, grupúsculos terroristas vinculados a otras organizaciones o que iban por libre.

Otro de estos grupos parece que estaba vinculado al partido revolucionario español PCE(r), cuyo brazo armado era el GRAPO.

Estos habrían decidido por cuestión estratégica que el GRAPO no operara en el País Vasco para no interferir en la actividad de ETA(m), ETA-pm y otras organizaciones independentistas vascas.

Durante 1979 se cometieron 2 asesinatos en Vizcaya que son atribuidos a los Comandos Autónomos.

Irusta era un joven problemático con antecedente por robos y tenía fama de ultraderechista entre sus vecinos.

Dos terroristas se acercaron a él por la espalda y uno de ellos le disparó varias veces.

Los Comandos Autónomos reivindicaron ese mismo día el atentado con un comunicado a la agencia Euzkadi Press.

Si hasta entonces ETA-m había hecho poco o nada para desmentir esta creencia, el fortísimo rechazo social y político generado por la muerte de Germán propició que por primera vez ETA-militar marcara distancias con los Comandos Autónomos y públicamente dijera que los Comandos Autónomos no pertenecía a ETA-m. Herri Batasuna condenó el atentado por considerarlo políticamente inadecuado.

Sin embargo las sospechas de connivencia o integración entre ETA-m y los Comandos Autónomos han persistido.

Muchos consideran que los Comandos Autónomos eran una marca B de ETA-m utilizada para trabajos especialmente sucios.

Casado y con dos hijos, Aguirreurreta trabajaba como administrativo en la empresa Pinturas Velasco de esa misma localidad.

Sin embargo, fue brutalmente asesinado, recibiendo seis impactos de bala a bocajarro por la espalda.

Tras este asesinato los Comandos Autónomos permanecieron varios meses sin aparente actividad.

Tras casi tres meses sin aparente actividad los Comandos Autónomos Anticapitalistas reaparecieron públicamente en febrero de 1980.

Mendeku fue el último comando activo de los CAA; realizó varios atentados contra casas del pueblo y la acción más sonada de los comandos autónomos, el asesinato del senador socialista Enrique Casas.

[37]​ En principio no existen evidencias de relación entre ambos grupos, siendo probablemente el nombre del segundo un homenaje al primer Mendeku.

En el tiroteo resultante murió Pablo Gude Pego "Antxon Handia" al que las FSE acusarían de ser el jefe del comando que asesinó al senador Enrique Casas.