Las obras se prolongaron durante la mayor parte del reinando de los Reyes Católicos.
Las naves y el crucero están cubiertos por una bóveda de terceletes sexpartita o simple.
La infanta Sancha Raimúndez concedió sus Fueros a la localidad de Covarrubias en el año 1148.
[4] Sobre la tapa del sepulcro atribuido a la infanta Sancha, aparece esculpida la cruz abacial y en el frente se halla colocado el escudo cuartelado de Castilla y León, que le fue concedido a la infanta Sancha por su hermano el rey.
Otra capilla importante es la de los Santos Reyes, donde estuvo situado el magnífico tríptico de los Reyes Magos, que da nombre a la capilla, y que actualmente se puede visitar en el museo parroquial; hoy ocupa su lugar en la capilla un retablo plateresco del XVI dedicado a San Juan Bautista.
Estas dos campanas son las únicas que poseen yugo de madera y voltean automáticamente, mientras que las otras tienen yugos de PEREA y se repican mediante electromazos.