Muchas variedades son mutuamente ininteligibles y, bajo ese criterio, lenguas separadas.En el siglo XVI, las autoridades españolas reconocieron una media docena de lenguas dentro del mixteco.Más abajo se pueden encontrar algunos intentos de clasificación del mixteco por diferentes académicos.En el área se encuentran esparcidos algunos enclaves de amuzgo, triqui, cuidateco, ixcateco, y chocholteco.Sin embargo, Josserand (1983) afirma que estas agrupaciones están basadas en metodologías defectuosas con una concepción errónea del plano geográfico de la Mixteca.Muchas ciudades que Holland listó como Baja son de hecho Alta, y viceversa.
