El nombre charquicán pareciera originarse del quechua charki kanka, "asado de charqui".
Sin embargo, las características de este plato cambia considerablemente en cada país, tanto en sus ingredientes como en su preparación.
En esos días era común encontrar en la llamada "lonchera del arriero" diversos alimentos deshidratados, entre ellos el charqui, los cuales se combinaban con otros productos que los viajeros adquirían o recolectaban al paso.
A esta se le incorporaban guarniciones que incluían a los diversos productos presentes en las zona que comprende actualmente la frontera entre Chile y Perú: papas, zapallos, camotes o racacha.
[2] El charquicán aparece como uno de los siete potajes que las clases altas limeñas consumían durante el periodo virreinal.
El lugar donde también se agregaron a esta rudimentaria comida otros ingredientes como las papas, zapallo y choclo, siendo, al parecer, el antecesor de la versión de este plato que se consume actualmente en Chile.
A este plato se le incorporó la papa con cáscara (papahuayku en quechua) y el queso criollo, de esa zona.
Otro ingrediente bastante común en la zona central de Chile es la acelga, la cual una vez cocida se agrega picada fina junto con el choclo.
[4] El charquicán de cochayuyo, o charquiyuyo, es otra variante que incluye algas en la preparación.
Una vez cocido este preparado, se incorporan las carnes y papas reservadas con el aderezo, añadiéndole chicha de jora.