En 1790 retornó a Buenos Aires, donde enseñó teología, filosofía, Hermenéutica y Física en el Convento Franciscano de la capital del novísimo Virreinato del Río de la Plata.Sus enseñanzas se conservan en el convento de San Francisco en Jujuy.Rodríguez quedó impresionado por los patriotas y revolucionarios de comienzos del siglo XIX, por lo que abrazó su ideario y escribió un poema en 1807 dedicado a los esclavos que defendieron Buenos Aires durante las Invasiones inglesas.Después del Congreso, Rodríguez volvió a sus responsabilidades religiosas y públicas.En 1822 fundó el periódico El oficial del día, en el cual se oponía a la Reforma eclesiástica de Rivadavia, entre las que se cuentan la abolición del fuero eclesiástico y el diezmo y la supresión de varias órdenes religiosas, las cuales eran defendidas por el periódico El Centinela.
