Desde 1951 hasta, quedó vacío el solar de la catedral sin haberse empezado construcción alguna.Durante este tiempo, la catedral fue testigo de los numerosos conflictos sociales que vivía el país.Monseñor Romero nunca aprobó las tomas de templos, pero se mostró comprensivo con los que realizaban estos actos, pues reconocía los pocos espacios de protesta legal que existían en el país.La iglesia fue visitada dos veces por el papa Juan Pablo II quién dijo que la catedral está “estrechamente ligada a los gozos y esperanzas del pueblo salvadoreño”.[4] Durante sus visitas en 1983 y 1996, el Papa se arrodilló y oró ante la tumba del arzobispo Óscar Romero, asesinado en el año 1980, que está enterrado en la cripta de la Catedral.[7][8] Bajo la planta de la catedral se encuentra un amplio espacio denominado como “la cripta”, en la que existen dos capillas.
Catedral Metropolitana con el mosaico de Fernando Llort "La Armonía de mi pueblo.
