Más tarde, por diferencias con el dictador Porfirio Díaz, debió pedir licencia definitiva entregando la gubernatura a José María Iturralde Lara quien lo sustituyó hasta el final de su mandato original.

[3]​ Su hermana, Nicolasa fue esposa de Eusebio Escalante Bates, un importante empresario, industrial y hacendado yucateco.

[4]​ Carlos Peón sería cuñado y consuegro de Escalante Bates.

[5]​ Entre los miembros más distinguidos de la familia se encuentra José Peón Contreras.

[10]​ La escena política en Yucatán se encontraba dividida desde mediados del siglo XIX entre los conservadores que habían apoyado la intervención francesa y la implantación del segundo imperio mexicano encabezado por Maximiliano de Habsburgo y los liberales que se habían resistido a los anhelos imperialistas de Napoleón III.

El primer grupo estaba encabezado por Francisco Cantón Rosado, un político conservador y populista.

En 1894, Peón Machado se presentó como candidato a la gubernatura de Yucatán contando con el apoyo del gobierno federal.

[15]​ De su predecesor, el general Daniel Traconis, hereda una profunda recesión económica.

Firme creyente del liberalismo económico, durante su gestión impulsó la vida económica del estado, incluyendo las actividades henequeneras, logrando que la agroindustria alcanzara su mayor auge exportador a partir de esos años.

El lazo que manteníaa Carlos Peón unido al gobierno federal era el suegro de Porfirio Díaz, el ministro Manuel Romero Rubio, por lo que al morir éste en 1895, Peón quedó sin apoyo en la capital mexicana.

Solamente para que unos cuantos años después, el propio obispo lo retornara a la familia heredera del autor con el argumento, expresado por el propio obispo: "No siendo ya director del Museo Yucateco, para el cual deseaba yo tener el manuscrito, creí mi deber entregarlo de nuevo al señor Peón, cuya ilustración y patriotismo le sabrá inspirar el mejor modo de conservarlo para la posteridad y para la ciencia.