Hubo que interrumpir el viaje en el pueblo de Tuctapari, donde nació Carlos.
Se casó con Gabina Leaño Baspineiro, a la edad de 25 años en 1814, tuvo cuatro hijos.
Francisco murió en 1945, en la casa de hacienda que construyera su tatarabuelo incorporado también a uno de los destacamentos de voluntarios que partieron hacia el lejano noroeste, a luchar contra los filibusteros que alentó el Brasil para apoderarse del Acre.
Fue ascendido a coronel en 1823 por el gobernador militar del Alto Perú, general Pedro Antonio de Olañeta.
Participó activamente de la campaña contra el general Jerónimo Valdés, hasta que éste tuvo que retirarse por la derrota realista en la Batalla de Junín.
Después de la batalla de Ayacucho, Olañeta se negó a aceptar la rendición del Ejército Real del Perú y se mantuvo en actitud desafiante frente a las invasiones dirigidas por Antonio José de Sucre desde el norte y por Arenales desde Salta.
Uno de los últimos oficiales que permanecieron leales a Olañeta fue el teniente coronel Medinaceli, pero cuando Olañeta ordenó a Medinaceli salir al cruce de Arenales, Medinaceli se pasó a los patriotas.
Olañeta fue el último jefe realista del interior de América Española.
Según estos historiadores, Medinaceli compartiría el título de máximo libertador de Bolivia, junto a otros revolucionarios como Pedro Domingo Murillo o Juana Azurduy de Padilla, por encima de Bolívar y Sucre, ya que para cuando Bolívar llegó por primera vez al país para continuar la lucha revolucionaria, el dominio español ya había sido derrotado.