[4] Fue en ese entonces, durante el primer gobierno de Alan García, en que estuvo involucrado en la llamada matanza de Pucará.
[6] Su gestión estuvo marcada por diversas denuncias de corrupción, particularmente relacionadas con la adquisición irregular de armamento militar, donde se habría favorecido a empresas relacionadas con Vladimiro Montesinos, el asesor del presidente Fujimori.
[8] En el 2014, la Sala Penal Nacional del Poder Judicial lo condenó, junto a otros militares, a 20 años de prisión, al ser sindicado como autor mediato de la matanza de ocho comuneros en Pucará, localidad situada a unos quince kilómetros de Huancayo.
[5][9][10] Sin embargo, Bergamino apeló y resultó absuelto en 2016 por la Sala Penal Transitoria de la Corte Suprema.
Su defensa logró convencer de que dicho episodio fue un operativo especial de inteligencia y quienes lo cometieron lo hicieron al margen del comando militar.