El camuflaje en los grandes cuerpos de agua es diferente del camuflaje en tierra aunque el ambiente es esencialmente el mismo en ambos, ya que la luz proviene de arriba y generalmente el fondo no cambia al comparar los árboles y los arbustos.
Hay 3 métodos principales que predominan en el agua: transparencia, reflexión y contra iluminación.
Hay tres métodos principales de camuflaje en el océano: transparencia,[3] reflexión y contra iluminación.
Se encuentra en el plancton, así como en animales más grandes, ya sea en medusas, salpas (tunicados que flotan) y Ctenophora.
Por ejemplo, un Gadus puede ver a una presa que tenga 98% de transparencia, si la luz es óptima en aguas poco profundas.
[5] Algunos tejidos como los músculos se pueden hacer transparentes, siempre y cuando sean muy delgados o estén organizados como capas regulares o fibrillas que sean pequeñas comparadas con la longitud de onda de la luz visible.
La cámara del ojo de los vertebrados y cefalópodos tiene que ser completamente opaca.
Por ejemplo, los cnidoblastos de los sifonofóros Agalma okenii se parecen a pequeños copepódos.
[5] Hay muchos animales marinos transparentes, por ejemplo: una gran cantidad de larvas, incluyendo a los celentéreos, sifofonofóros, salpas, moluscos gasterópodos, lombrices poliquetas, algunos crustáceos y peces; mientras que los adultos de la mayoría de estas especies son opacas y pigmentadas, se asemejan a los fondos marinos o a las costas en donde viven.
[6] El pez Microphilypnus amazonicus del Río Amazonas y los camarones con los que se asocia, Pseudopalaemon gouldingi, son tan transparentes que se les considera como "casi invisibles", además, éstas especies pueden escoger entre ser transparentes o convencionalmente moteados, según el fondo del ambiente en el que se encuentren.
Estos animales tienen la parte de arriba más oscura para que se confunda con las profundidades del océano y la parte de abajo más clara para evitar parecer oscuros cuando se encuentran el la superficie del océano.
[11][12] La mimesis es practicada por animales como el dragón marino con hojas, Phycodurus eques, y el pez escorpión con hojas Taenianotus triacanthus, que tienen un parecido con partes de plantas y dejan que su cuerpo se mueva con la corriente.
[6][13][14] En la especie de pez, Novaculichthys taeniourus, hay una diferencia en la apariencia entre los adultos y los juveniles.
[15] La auto-decoración es usada por animales en grupos diferentes, incluyendo a los cangrejos decoradores, que se pegan materiales del ambiente así como organismos vivos para camuflarse.
Otro cangrejo ermitaño, Eupagurus cuanensis, tiene la aposemática esponja naranja Suberites domuncula, la cual tiene un sabor amargo que los peces no se comen.
Cuando el pez está cazando o escondiéndose de sus depredadores, se entierra en la arena y solo deja ver sus ojos.